学校进行两次知网查重的主要原因是为了确保学术诚信，防止学生抄袭、剽窃他人作品。第一次查重可以帮助学生及时发现文献中的重复内容，进行修改和修正，以确保学术作品的独立性和原创性。而第二次查重则是为了验证学生是否按照第一次查重的结果进行了修改，以确保学生的学术诚信。

解决学校两次知网查重的问题，首先学生应该养成自觉遵守学术规范的良好习惯，严格遵循学术诚信原则，杜绝抄袭、剽窃行为。其次，学校应该加强学生的学术道德教育，提高学生对学术诚信的重视程度，培养学生独立思考和创新能力，减少抄袭行为的发生。同时，学校还应建立完善的查重机制，及时发现和处理学术不端行为，维护学术环境的纯净和公正。